1997年和1999年香港和澳门回归祖国后，香港红十字会和澳门红十字会也先后成为中国红十字会享有高度自治的地方分会，并依照香港和澳门特别行政区的基本法以及与中国红十字会总会签署的相关协议，独立自主地开展工作。
　　香港、澳门红十字会回归以来，本着竭诚为香港、澳门市民的福祉服务的理念，为当地民众，特别是弱势群体和特殊人群，提供了多种形式的人道服务，得到广泛欢迎和赞誉。香港、澳门红十字会与内地各级红十字组织的交流更加密切，合作的领域更加宽广，涉及备灾救灾、卫生救护、无偿献血推动、社区志愿服务、红十字知识传播、红十字青少年等众多方面。每当内地发生重大自然灾害，香港、澳门红十字会都在第一时间给予支援。香港、澳门红十字会在中国红十字会总会的支持和协调下，积极参与国际红十字运动和国际救济事务，赢得国际社会的普遍赞誉。
　　与台湾红十字组织的合作
　　在经历了长时间的相互隔绝之后，台湾海峡两岸民众自上世纪80年代中期开始交往，并不断扩大。中国红十字会和台湾红十字组织也顺应新的变化，以开展两岸寻亲服务为契机开始交往与合作。随着时间的推移，两岸红十字组织交流合作的领域不断延伸，共同开展的以增进两岸同胞福祉的人道服务范围也在不断扩大。由两岸红十字组织共同协商并签署的“金门协议”成为海峡两岸分别授权的民间团体签订的第一个书面协议，为保障以人道和安全的方式实施海峡两岸私渡人员和刑事嫌疑犯或刑事犯的海上双向遣返作业提供了保证。自1993年以来，双方轮流举办红十字青少年夏令营20次，共有约2000余名来自海峡两岸的青少年代表参加活动。双方共同开展的交流合作涉及救灾备灾、水上救护、志愿服务等多个领域。两岸发生重大自然灾害时，两岸红十字组织都能团结一心，相互支持，充分体现了“两岸同胞”血浓于水“的骨肉亲情。1999年，台湾发生921大地震，中国红十字会迅速将大陆募集的300万美元捐赠给台湾红十字组织。2008年汶川大地震，台湾红十字组织搜救队和医疗队前往灾区开展救助，成为两岸红十字组织第一次合作参与两岸间灾害救助。2009年台湾发生严重的“莫拉克”风灾，中国红十字会用大陆民众捐赠的1.2亿元救灾款，为台湾受灾民众修建住房，建校舍，修建福美吊桥等。
　　国际人道援助
　　按照国际惯例，国际人道援助一般来自政府间的援助和以红十字会为主的民间援助两个渠道。作为政府在人道救助领域的助手以及红十字会与红新月会国际联合会的重要成员，中国红十字会依据《中华人民共和国红十字会法》赋予的“参加国际人道主义救援工作”、“为开展救助工作，可以进行募捐活动”等职责和权利，积极动员民间力量，参与国际人道援助行动。当重大自然灾害发生时，中国红十字会都积极募捐，向受灾国提供人道主义援助，如2004年印度洋海啸、2010年海地地震、2011年日本大地震等。
　　随着中国综合实力的增强，国际组织及其他国家红会，特别是发展中国家红会均对中国红十字会开展国际援助寄予希望。为配合国家外交大局，更好地发挥民间外交的作用，中国红十字会在开展紧急援助的同时，在商务部的支持下开展非紧急人道主义援助项目，2009年以来先后向多个亚非国家红会提供了物资援助，帮助其加强能力建设，更好地为易受损害群体提供服务。