“金门协议”是1949年以来，海峡两岸分别授权的民间团体签订的第一个书面协议。1990年9月，中国红十字会代表韩长林，台湾红十字组织陈长文等在金门，就双方参与见证其主管部门执行海上遣返事宜举行工作商谈，即就解决违反有关规定进入对方地区的居民和刑事嫌疑犯或刑事犯的遣返问题进行协商，并签订了协议书。这一协议，后来被称为“金门协议”。依照“金门协议”的规定，本着“人道、安全、便利”的原则，中国红十字会与台湾红十字组织见证私渡人员及刑事犯、刑事嫌疑犯的遣返工作。截止到2012年底，双方共见证遣返作业223批(次)，接回非法进入台湾的大陆人员39028人，遣送非法进入大陆地区的台湾人员405人。